| 사 무 명 | 근 거 법 령 | 수임기관 |
| 1. 의료법인 설치·운영에 관한 다음의 사무 | | 보건소장 |
| 가. 의료법인 설립허가 | 의료법 제48조제1항, 같은 법 시행령 제19조, 같은 법 시행규칙 제48조, 제49조 | |
| 나. 기본재산 처분허가 | 같은 법 제48조제3항, 같은 법 시행령 제21조, 같은 법 시행규칙 제54조 | |
| 다. 정관변경 허가 | 같은 법 제48조제3항, 같은 법 시행령 제21조, 같은 법 시행규칙 제51조 | |
| 라. 설립등기 보고 | 같은 법 시행규칙 제50조 | |
| 마. 임원선임 보고 | 같은 법 시행규칙 제52조 | |
| 바. 재산증가 보고 | 같은 법 시행규칙 제53조 | |
| 사. 법인사무의 검사·감독 | 같은 법 시행규칙 제56조 | |
| 아. 해산신고 | 같은 법 시행규칙 제57조 | |
| 자. 잔여재산 처분허가 | 같은 법 시행규칙 제58조 | |
| 차. 의료법인 설립허가 취소 | 같은 법 제51조 | |
| 카. 부대사업 등의 신고에 관한 사무 | 같은 법 제49조제3항, 같은 법 시행규칙 제61조 | |
| 2. 의료기관에 관한 다음의 사무 | | 보건소장 |
| 가. 종합병원, 병원, 치과병원, 한방병원 및 요양병원의 개설허가(이하 “병원 등”이라 함) | 의료법 제33조제4항 | |
| 나. 병원 등의 변경허가 | 같은 법 제33조제5항 | |
| 다. 지도와 명령 | 같은 법 제59조제1항 | |
| 3. 의료기관 개설특례에 따른 부속의료기관에 관한 다음의 사무 | | 보건소장 |
| 가. 병원급 부속의료기관 개설허가 | 의료법 제35조제1항 및 같은 법 시행규칙 제32조제2항 | |
| 나. 병원급 부속의료기관 개설허가사항 변경허가 | 의료법 제35조제1항 및 같은 법 시행규칙 제32조제2항 | |
| 4. 응급환자 이송업에 관한 다음의 사무 | | 보건소장 |
| 가. 응급환자 이송업 허가 | 응급의료에 관한 법률 제51조제1항 | |
| 나. 변경허가 | 같은 법률 제51조제3항 | |
| 다. 변경신고 | 같은 법률 제51조제6항 | |
| 라. 휴·폐업, 재개업 신고 | 같은 법률 제53조 | |
| 마. 지위승계 신고 | 같은 법률 제54조 | |
| 5. 의료기관의 조제실 제제 제조에 관한 다음의 사무 | | 보건소장 |
| 가. 제제 제조신고·제조업무 변경 및 폐지의 신고 수리 | 약사법 제41조 및 의약품 등의 안전에 관한 규칙 제52조 | |
| 나. 보고와 검사 등 | 같은 법 제69조 | |
| 다. 폐기명령 등 | 같은 법 제71조 | |
| 라. 검사명령 | 같은 법 제73조 | |
| 마. 개수명령 | 같은 법 제74조 | |
| 6. 마약류취급자에 관한 다음의 사무 | | 보건소장 |
| 가. 마약류취급자의 허가, 마약류관리자의 지정 및 변경 | 마약류 관리에 관한 법률 제6조 | |
| 나. 마약류취급자의 허가증 등의 교부와 등재 및 변경 | 같은 법률 제7조 | |
| 다. 폐업 등의 신고수리 | 같은 법률 제8조 | |
| 라. 사고마약류의 처리 | 같은 법률 제12조 및 같은 법 시행규칙 제23조 | |
| 마. 자격상실자의 마약류 처분에 대한 승인 | 같은 법률 제13조 | |
| 바. 출입․검사와 수거 | 같은 법률 제41조 | |
| 사. 마약류의 폐기명령 및 업무보고 명령 | 같은 법률 제42조, 제43조 | |
| 아. 허가 등의 취소와 업무정지 명령 | 같은 법률 제44조 | |
| 자. 청문의 실시 | 같은 법률 제45조 | |
| 차. 마약류취급자에 대한 교육실시 | 같은 법률 제50조 및 같은 법 시행규칙 제47조 | |
| 7. 건강검진기관에 관한 다음의 사무 | | 보건소장 |
| 가. 검진기관의 지정 | 건강검진기본법 제27조 및 같은 법 시행령 제12조 | |
| 나. 검진기관의 지정취소 및 업무정지 명령 | 같은 법 제27조 및 같은 법 시행령 제12조 | |
| 다. 청문 | 같은 법 제27조 및 같은 법 시행령 제12조 | |